Download

Für eine lokale Installation des PaDaWaN steht ein vorkonfiguriertes Docker-Image zur Verfügung. Falls nötig kann Docker von hier heruntergeladen werden (Installationsanleitung). Um eine PaDaWaN-Instanz zu starten, muss bei gestartetem Docker der Befehl

docker run --name padawan -p 8080:8080 uniwue/padawan:2.0.10-mysql

auf der Kommandozeile ausgeführt werden.

Anschließend kann die Web-Oberfläche des PaDaWaN unter http://localhost:8080/PadawanWebService/ aufgerufen werden. Die Anmeldedaten lauten hier standardmäßig wie folgt:

• Benutzername: demo
• Passwort: demouser

Eine ausführliche Dokumentation zur Verwendung dieses Docker-Images steht auf dessen offizieller Seite unter https://hub.docker.com/r/uniwue/padawan/ zur Verfügung.

 

Negationserkennung / Kontexterkennung

Der PaDaWaN verwendet eine Negations- und Kontexterkennung von Informationen für Informationen und medizinische Konzepte in Texten. Dabei wird in natürlich sprachlichen Texten unter Anderem erkannt, ob eine Information negiert ist ("kein Hinweis auf eine Fraktur"), historisch ist ("Schlaganfall vor 5 Jahren") und die Person, die beschrieben wird ("Vater erlitt einen Herzinfarkt").  Für weiter Informationen finden Sie in den Publikationen Ad Hoc Information Extraction for Clinical Data Warehouses und Replicating medication trend studies using ad hoc information extraction in a clinical data warehouse. Die verwendeten Triggerlisten stehen hier zum Download bereit.

Radiologie-Import

Der PaDaWaN bietet die Möglichkeit zum generischen Import einer tabellarischen Datei, wie sie zum Beispiel von einem Radiologieinformationssystem (RIS) exportiert werden kann. Dafür ist lediglich eine zu dem Export passende Konfigurationsdatei erforderlich. Ein kleines Beispiel für einen RIS-Export steht hier und eine dazu passende Konfigurationsdatei hier zum Download bereit. Mit dem folgenden Befehl können Sie diese Funktion mit dem PaDaWaN-Docker-Image testen:

docker run -v <LokalerPfadZurRISExportSample.xlsx>:/usr/src/app/RISExportSample.xlsx -v <LokalerPfadZurColumnMappingSample.xlsx>:/usr/src/app/ColumnMappingSample.xlsx --name padawan -p 8080:8080 -e "PADAWAN_USE_RADIOLOGY_IMPORTER=true" uniwue/padawan:2.0.10-mysql

Dafür müssen die mit <...> markierten Teile jeweils mit dem lokalen Pfad zu der entsprechenden Datei ersetzt werden. Anschließend kann auf die Web-Oberfläche wie oben beschrieben zugegriffen werden.